TOEFL受けました 1

ちょっとした目標があり、そのためにTOEFL 79~84点が必要なのでちまちまやっています。サブスコアにも指定があり、Reading 19以上、Writing 21以上取らなくてはいけません。

まずは現状確認ということで昨年11月に受けた時の結果がこちら

１回目の結果

ち〜ん(笑)

いやね、色々言い訳はあるんですけどね。これでも6年くらい前に受けた時よりは大分高いんです。(当時は試験時間が５時間位で受けるだけで大変だった‥)

反省に反省を重ね猛省し今月受験した最新の結果がこちら

２回目の結果

ち〜ん(笑)

いやね、色々言い訳はあるんですけどね。取りあえず上がってるのでOKです。TOEFL iBTはこの夏から新形式(3時間→2時間)になって出題形式も少し変わったとのことで、内容の向き不向きで多少上がったのもあるかもしれません。試験時間が短くなりましたが楽という感じは全然無く、終わった後も１時間くらい放心状態でした。

反省会

この約9ヶ月英語に関してやったことを羅列してみると

• iKnowで単語
  • かなりまちまち、30分/日で続けることもあれば2週間に1回だったり…
• シャドーイング
  • かなりまちまち、やる時は1つの題材をしっかりやった
  • 方法は「必ず聞き取れるTOEFLテストリスニング」に出来るだけ従った
• ChatGPT(4.0)とおしゃべり
  • シャドーイングの題材などで文章の意味が分からない時に使った
  • 雑にトピックをもらい、それへの回答を添削してもらった
• 仕事でまとまった量の英語を書く機会があった
• Official TOEFL iBT(R) Prep Course Plusの模擬問題
  • ReadingとListeningの問題は5割くらい手をつけた
  • SpeakingとWritingはほぼ未着手
  • 公式の安心感はあるけど半年の利用期限付きで16.5k円は高いかも…

とまあ断続的な上に量もやっていなくてこのままでは今後上がる気がしないです。

ChatGPTの利用に関しては単に返事をもらうだけではなくて、会話で自分の理解を確認していくような感じで使っていたのでそれがWriting練習の初歩としては良かったのかも。あと気兼ねなく納得するまで聞けるのが良いです。早くリアルタイムで喋るようになって欲しい。

今後の予定

iKnowのおかげか単語で引っかかる事は昔に比べれば減ってきましたが、文章をしっかり読めているという実感が無かったのでReading対策の本を探して手をつけ始めました。

Mastering Skills for the TOEFL iBT 3rd Edition - Reading (Compass Publishing)

本の内容としてはBeginning、Intermediateと来てAdvanced向けということになってます。

いやお前はAdvancedじゃないだろと言われた気がする。はいそう思います。でも店頭で見比べた感じDeveloping Skills for the TOEFL iBT(Intermediate)の方は文章が短くなっていて負荷が足りない気がしたので…

ちなみに本に書いてあるQRコードを読んでもnot foundになって音声データが取れませんでした。代わりに↑の書籍ページにSoundCloudへのリンクがあり、そこから入手出来ます。シャドーイングにも使えそう。

Writingは無策で上がる気がしないので何か対策を考える必要がありそうです。

アフリカンランプアイが産卵

早速産卵してしまいました。早い。早くない？

書いている時点で少し時間が経過しているので記憶が曖昧ですが、家に来て2日後に卵を初発見。その後1日に1回はどこかに産んでいるような様子です。

メダカの仲間ということで、むかーし見たメダカ(ヒメダカ)的な感じでメスがお腹に2,3個卵をぶら下げて、そのうちどこかに引っ掛けるというのを想像していましたが違いました。

概念図

卵をぶら下げて泳いでいるのは見たことがなく、気付いたら水草の茂みに1個ずつ産んでいるようです。産んでいる場所はほぼ全てパールグラスで偶に南米モスでした。パールの方が隠しやすいから？

よーく見ると中央に卵が

そのうち移したらいいかと思っているとみんなで水草についた卵をツンツンしており今にも食べそうな感じです。こいつら種として繁栄する気あるんか…

完全な成魚でギリ飲み込めるかどうかというサイズなので本当に食べちゃうのかどうかはなんともですが。

しょうがないので見つけた卵は吸い取って紙コップに隔離。卵が分散していてどこについているかぱっと見わからないので間違ってフンと一緒に捨ててしまわないように注意します。

目についた３、４個くらいを回収

卵がカビないように毎日一回水道水で換水しています。

せっかくなので無事に生まれてほしいです。

45cmウィローモス水槽・水草と魚とエビを追加

水槽を見ていると何か入れたくなってきたので追加しました(よくあるパターン)

水草編

ウィローモス水槽と銘打っておきながら他の水草を追加するのは早速コンセプトが崩壊している気がしますが何か弄りたい欲が高まっているので敢行。

水景のイメージとしては南米モスを中心に「モサ〜〜」感は変えたくないというのは固まっていたのですが、具体的にこれというのがあるわけではなく。

取りあえずお店で見ながら考えようということで8月の大阪を自転車で爆走。

写真だと涼しそう

突撃したのは梅田の南西にあるAQUARIUM AWAJIYAさん

店内の(特に2階の大きい)水草水槽がすごかったです。見入ってしまいました。

お近くの方はおすすめです。

本題の水草については店員さんに相談すると良さげなものを幾つか提案して貰えました。神に感謝…

ついにADA製品を買う日が来るとは…(後で気がついた)

という訳でパールグラスとグロッソスティグマを購入しました。

パールグラスはウィローモスと並べると明る過ぎるか？というのもあったのですが、前から育ててみたかったこともありGo判定。

植えた直後
手前にグロッソ、その奥にパール、左に誰も食べないヌマエビフード

植えてから1週間後の経過報告：

どちらも成長が速いとよく書かれているので結構構えていたのですが、今の所緩やかなようです。

パールグラスは元の葉(水上葉?)が黄色くなって新しい葉(水中葉?)が生えてきました。新しい葉は元の葉よりも一回り以上大きい印象です。縦より横に伸びつつ各節(?)からソイルに向かって根を伸ばしているという感じです。

グロッソはパール程明確に葉が切り替わっているという印象ではないですが、元の葉は黄色い部分が多くなっているようです。伸ばしたランナーから生えた新しい葉が増えつつあります。

左：パールグラス、右：グロッソスティグマ
どちらも元の葉が黄色くなっている

魚編

当初はミクロラスボラ ハナビにしようと思って近場のお店に行ったのですが売り切れ。1週間前に来た時はいたのに…

（熱帯魚）ミクロラスボラsp．ハナビ（5匹）　北海道航空便要保温

しょうがないのでGoogle先生に直近数ヶ月で更新のあった関西のハナビ居所情報を拝聴。

少し遠くのお店ですがつい2週間前に入荷したとの啓示があったので突撃。しかしこちらも売り切れ。今は空前のハナビブームなのか。

これ以上探すのもなーということで次点に決めていたアフリカンランプアイ(10匹)にしました。体型は完全にメダカですが目の上のブルーが非常に綺麗です。(あとハナビよりかなり安い)

水草が育ってないのでまだ寂しい

性格に関してですが、少なくとも家に来た個体はかなり臆病なようです。写真を撮りたいのですが水槽1.5m圏内に近づくと対角側に逃げてしまいます…

ちなみに水槽立ち上げ時に買ったけど使っていなかったポピー型の出水パイプを結局取り付けました。理由はランプアイが常に流れに逆らって泳ぎ続ける素振りがあり、水流が強すぎるかもと思ったためです。使い道ができて良かった。

エビ編

選択肢としては立て続けに☆になってしまい残り2匹となったレッドチェリーシュリンプを追加するか、素直にコケ取り生体として定評のあるヤマトヌマエビを投入するかでした。

結構迷ったのですが、ヤマトヌマエビにしました。あんまり多いと水草への食害が怖かったので取りあえず3匹導入です。もう少し増やすかも。

水槽導入後に観察しているとチェリーより活動時間が長くよく動き回っている印象です。ミナミヌマエビ系より1匹辺りのコケ取り性能が高いと言われるのも納得です。

反面うんちの量は多いかも…常にプリプリ出してます。毎日換水しているので吸い取り甲斐があるってもんですが。

体が大きいので伊勢海老感が強い
透明なので背わたにプリプリが充填されているのがよく分かる

引き続き経過を報告していきます。

METISで領域分割する

概要

• 非構造MPI並列セル中心有限体積法コード用のメモです。
• MPIなどで空間を並列処理する際の分割をMETISで半自動化します。
• METISのコマンドを手動実行します。実行環境に縛られにくい利点があります。
• Ubuntuで動かしていますがgpmetisコマンドが使えれば何でも良いです。

準備

• METISのコマンドが使えるようにインストールします。
  • sudo apt update
  • sudo apt install  metis -y
  • 端末で"gpmetis"を実行してコマンドが認識されている事を確認します

• 手元でハンドリング出来る格子データ

  • ｵﾚｵﾚフォーマットで可

gpmetisに渡すcellの接続情報を用意する

ここで作成したいのは以下のようなデータです。

graph.dat

        24      38              ←総node数、総edge数
         7         2　　　　←node 1 が接続しているnode番号。2つ隣接している
         8         3         1　←node 2 が接続しているnode番号。3つ隣接している

        ...

node番号は1から数えます。

このdatファイルは以下のような格子に対応します。

格子とnode番号

graph.datに記述されているようにnode1は2、7と隣接しています。同様にnode2は1、3、8に隣接しています。

ここで、グラフ理論で言うところのnode/edgeと、有限体積法(FVM)で言うところのnode/edgeは意味が異なる点に注意します。ここではnode/edgeはグラフ理論における用語を指すことにします。例えばFVMでnodeと言えば通常は節点のことですが、ここでのnodeはCell-centered FVMにおけるcellに相当します。

それぞれ以下のように対応します。

• グラフ：node = Cell-centered FVM：cell

• グラフ：edge = Cell-centered FVM：隣接するcellを結んで出来る線、cell間の面

したがってgraph.datの「総node数」で指定するべき値はCell-centered FVMの「総cell数」であり、「総edge数」は「隣接するcellを結んで出来る線の総数」もしくは「境界を除くcell間の面の総数」となります。

左：node或いはcell　右：edge

もし使用している格子データに「総edge数」が含まれていない場合は別途数え上げる必要があります。

gpmetisで任意の領域数に分割する

「準備」で用意していたgpmetisコマンドを使って分割します。5つの領域に分割したい場合は端末で以下のように実行します。

gpmetis graph.dat 5

以下のようなファイルが生成されるはずです。

graph.dat.part.5

1  ← cell 1は領域1
1  ← cell 2は領域1
3  ← cell 3は領域3
...

ここで領域は0から数えます。

仮に並列化手法がMPIであれば各「領域」が「ランク」ということになります。

gpmetisの出力を使って元の格子を分割する

graph.datの出力を使って元の格子データを分割します。例として4分割したgraph.dat.part.4を読み込んで初めの格子に領域(ランク)を割り振り、色分けして出力してみます。

gpmetisの出力に従ってランクを割り当てた結果

綺麗に4等分してくれました。

もう少し複雑な例として非構造格子に適用してみます。こちらの記事で作成したものです。 

ここでは5分割してみます。

5分割した結果

どの程度均等に分割されたか確認してみます。

	rank0	rank1	rank2	rank3	rank4
Cell [%]	19.52	20.39	20.07	19.74	20.29
面数 [%]	19.85	20.77	20.43	20.09	20.68
節点数 [%]	21.80	23.00	22.60	22.20	23.00

追加のオプションは指定していませんが十分な分割性能です。

※面と節点はrank境界で共有されている都合上、全rankの和は100%にはならないので大体です。

補足

大抵の場合、MPIでの並列計算に使用するためには各rank間で通信した情報を格納する余分なcellを各ランクで確保する必要があります。

ParaViewのDelaunay分割で非構造格子を生成する

概要

• コードのテストなどに使用する「適当な」非構造格子の生成方法です。
• ParaViewから出力する簡易なフォーマットを使用します。
• 汎用の格子フォーマット入出力を持っていない人でもパースしやすいです。
• 利益があるかもしれない人の例
  • P○intwiseとか使える環境無いし手元のコードには汎用格子フォーマットの入出力無いし書くのも興味無いけど適当な非構造格子で自分のコードをテストしたい

準備

• ParaViewを用意します
  • sudo apt update
  • sudo apt install  paraview -y
  • 端末で"paraview"を実行してGUIが立ち上がる事を確認します

分割元の適当な格子を用意する

外枠となる格子が必要です。中の分割は何でも可ですが、最終的に作成したい「適当な格子」と同等な密度にしておく必要があります。

ここでは以下のようなデータ(original.tec)を元の格子とします。

手元では2次元のTecplot形式を使用しました。

original.tec

 VARIABLES=X,Y
 ZONE I=          25 ,J=          20 ,F=POINT
 -0.14999999999999999        0.0000000000000000     
 -0.11249999999999999        0.0000000000000000     
  -7.4999999999999997E-002   0.0000000000000000     
  -3.7500000000000006E-002   0.0000000000000000     
   0.0000000000000000        0.0000000000000000     
   3.1250000000000000E-002   1.1374069812500000E-002
   6.2500000000000000E-002   2.2748139625000000E-002
   9.3750000000000000E-002   3.4122209437500002E-002
  0.12500000000000000        4.5496279250000000E-002
  0.15625000000000000        5.6870349062499999E-002
  0.18750000000000000        6.8244418875000004E-002
  0.21875000000000000        7.9618488687500003E-002
  0.25000000000000000        9.0992558500000001E-002
  0.28125000000000000       0.10236662831250000     
  0.31250000000000000       0.11374069812500000     
  0.34375000000000000       0.12511476793750001     
  0.37500000000000000       0.13648883775000001     
  0.40625000000000000       0.14786290756250001     
  0.43750000000000000       0.15923697737500001     
  0.46875000000000000       0.17061104718750000     
  0.50000000000000000       0.18198511700000000     
  0.53749999999999998       0.18198511700000000     
  0.57499999999999996       0.18198511700000000     
  0.61250000000000004       0.18198511700000000     
  0.65000000000000002       0.18198511700000000     
 -0.14999999999999999        3.1578947368421040E-002
 -0.11249999999999999        3.1578947368421054E-002
  -7.4999999999999997E-002   3.1578947368421054E-002
  -3.7500000000000006E-002   3.1578947368421054E-002
   0.0000000000000000        3.1578947368421054E-002
   3.1250000000000000E-002   4.2354381927631579E-002
   6.2500000000000000E-002   5.3129816486842105E-002
   9.3750000000000000E-002   6.3905251046052630E-002
  0.12500000000000000        7.4680685605263156E-002
  0.15625000000000000        8.5456120164473681E-002
  0.18750000000000000        9.6231554723684221E-002
  0.21875000000000000       0.10700698928289473     
  0.25000000000000000       0.11778242384210527     
  0.28125000000000000       0.12855785840131578     
  0.31250000000000000       0.13933329296052632     
  0.34375000000000000       0.15010872751973686     
  0.37500000000000000       0.16088416207894737     
  0.40625000000000000       0.17165959663815791     
  0.43750000000000000       0.18243503119736842     
  0.46875000000000000       0.19321046575657896     
  0.50000000000000000       0.20398590031578948     
  0.53749999999999998       0.20398590031578948     
  0.57499999999999996       0.20398590031578948     
  0.61250000000000004       0.20398590031578948     
  0.65000000000000002       0.20398590031578948     
 -0.14999999999999999        6.3157894736842080E-002
 -0.11249999999999999        6.3157894736842107E-002
  -7.4999999999999997E-002   6.3157894736842107E-002
  -3.7500000000000006E-002   6.3157894736842107E-002
   0.0000000000000000        6.3157894736842107E-002
   3.1250000000000000E-002   7.3334694042763160E-002
   6.2500000000000000E-002   8.3511493348684213E-002
   9.3750000000000000E-002   9.3688292654605265E-002
  0.12500000000000000       0.10386509196052632     
  0.15625000000000000       0.11404189126644737     
  0.18750000000000000       0.12421869057236842     
  0.21875000000000000       0.13439548987828948     
  0.25000000000000000       0.14457228918421053     
  0.28125000000000000       0.15474908849013158     
  0.31250000000000000       0.16492588779605263     
  0.34375000000000000       0.17510268710197369     
  0.37500000000000000       0.18527948640789474     
  0.40625000000000000       0.19545628571381579     
  0.43750000000000000       0.20563308501973684     
  0.46875000000000000       0.21580988432565790     
  0.50000000000000000       0.22598668363157895     
  0.53749999999999998       0.22598668363157895     
  0.57499999999999996       0.22598668363157895     
  0.61250000000000004       0.22598668363157895     
  0.65000000000000002       0.22598668363157895     
 -0.14999999999999999        9.4736842105263119E-002
 -0.11249999999999999        9.4736842105263161E-002
  -7.4999999999999997E-002   9.4736842105263161E-002
  -3.7500000000000006E-002   9.4736842105263161E-002
   0.0000000000000000        9.4736842105263161E-002
   3.1250000000000000E-002  0.10431500615789473     
   6.2500000000000000E-002  0.11389317021052631     
   9.3750000000000000E-002  0.12347133426315790     
  0.12500000000000000       0.13304949831578947     
  0.15625000000000000       0.14262766236842103     
  0.18750000000000000       0.15220582642105263     
  0.21875000000000000       0.16178399047368419     
  0.25000000000000000       0.17136215452631581     
  0.28125000000000000       0.18094031857894738     
  0.31250000000000000       0.19051848263157894     
  0.34375000000000000       0.20009664668421054     
  0.37500000000000000       0.20967481073684213     
  0.40625000000000000       0.21925297478947370     
  0.43750000000000000       0.22883113884210526     
  0.46875000000000000       0.23840930289473683     
  0.50000000000000000       0.24798746694736842     
  0.53749999999999998       0.24798746694736842     
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  0.61250000000000004       0.53399765005263156     
  0.65000000000000002       0.53399765005263156     
 -0.14999999999999999       0.53684210526315790     
 -0.11249999999999999       0.53684210526315790     
  -7.4999999999999997E-002  0.53684210526315790     
  -3.7499999999999999E-002  0.53684210526315790     
   0.0000000000000000       0.53684210526315790     
   3.1250000000000000E-002  0.53803937576973682     
   6.2500000000000000E-002  0.53923664627631573     
   9.3750000000000000E-002  0.54043391678289476     
  0.12500000000000000       0.54163118728947368     
  0.15625000000000000       0.54282845779605260     
  0.18750000000000000       0.54402572830263163     
  0.21875000000000000       0.54522299880921055     
  0.25000000000000000       0.54642026931578946     
  0.28125000000000000       0.54761753982236838     
  0.31250000000000000       0.54881481032894741     
  0.34375000000000000       0.55001208083552633     
  0.37500000000000000       0.55120935134210525     
  0.40625000000000000       0.55240662184868428     
  0.43750000000000000       0.55360389235526308     
  0.46875000000000000       0.55480116286184211     
  0.50000000000000000       0.55599843336842103     
  0.53749999999999998       0.55599843336842103     
  0.57499999999999996       0.55599843336842103     
  0.61250000000000004       0.55599843336842103     
  0.65000000000000002       0.55599843336842103     
 -0.14999999999999999       0.56842105263157894     
 -0.11249999999999999       0.56842105263157894     
  -7.4999999999999997E-002  0.56842105263157894     
  -3.7499999999999999E-002  0.56842105263157894     
   0.0000000000000000       0.56842105263157894     
   3.1250000000000000E-002  0.56901968788486834     
   6.2500000000000000E-002  0.56961832313815786     
   9.3750000000000000E-002  0.57021695839144737     
  0.12500000000000000       0.57081559364473689     
  0.15625000000000000       0.57141422889802629     
  0.18750000000000000       0.57201286415131580     
  0.21875000000000000       0.57261149940460532     
  0.25000000000000000       0.57321013465789472     
  0.28125000000000000       0.57380876991118424     
  0.31250000000000000       0.57440740516447364     
  0.34375000000000000       0.57500604041776315     
  0.37500000000000000       0.57560467567105267     
  0.40625000000000000       0.57620331092434218     
  0.43750000000000000       0.57680194617763159     
  0.46875000000000000       0.57740058143092099     
  0.50000000000000000       0.57799921668421050     
  0.53749999999999998       0.57799921668421050     
  0.57499999999999996       0.57799921668421050     
  0.61250000000000004       0.57799921668421050     
  0.65000000000000002       0.57799921668421050     
 -0.14999999999999999       0.59999999999999998     
 -0.11249999999999999       0.59999999999999998     
  -7.4999999999999997E-002  0.59999999999999998     
  -3.7499999999999999E-002  0.59999999999999998     
   0.0000000000000000       0.59999999999999998     
   3.1250000000000000E-002  0.59999999999999998     
   6.2500000000000000E-002  0.59999999999999998     
   9.3750000000000000E-002  0.59999999999999998     
  0.12500000000000000       0.59999999999999998     
  0.15625000000000000       0.59999999999999998     
  0.18750000000000000       0.59999999999999998     
  0.21875000000000000       0.59999999999999998     
  0.25000000000000000       0.59999999999999998     
  0.28125000000000000       0.59999999999999998     
  0.31250000000000000       0.59999999999999998     
  0.34375000000000000       0.59999999999999998     
  0.37500000000000000       0.59999999999999998     
  0.40625000000000000       0.59999999999999998     
  0.43750000000000000       0.59999999999999998     
  0.46875000000000000       0.59999999999999998     
  0.50000000000000000       0.59999999999999998     
  0.53749999999999998       0.59999999999999998     
  0.57499999999999996       0.59999999999999998     
  0.61250000000000004       0.59999999999999998     
  0.65000000000000002       0.59999999999999998     

元の格子データにいい感じに擾乱を入れる

このステップはオプションです。

元のデータに適当な擾乱を入れることで最終的な格子に「それっぽい」非構造感が出ます。

ここでは以下のように格子点を移動させました。

格子点の移動

w1 = 1.5d0
w2 = 0.5d0
do loop = 1, 3
    do k = 2, kmax-1
        do i = 2, imax-1
            if(mod(k,2).eq.0) then
            x(i,k) = (w1*x(i,k) + w2*x(i,k+1)) / (w1 + w2)
            y(i,k) = (w1*y(i,k) + w2*y(i,k+1)) / (w1 + w2)
            end if

            if(mod(i,3).eq.0) then
            x(i,k) = (w1*x(i,k) + w2*x(i,k+1)) / (w1 + w2)
            y(i,k) = (w1*y(i,k) + w2*y(i,k+1)) / (w1 + w2)
            end if

            if(mod(i,2).eq.0 .and. mod(k,5).eq.0) then
            x(i,k) = (w1*x(i,k) + w2*x(i+1,k)) / (w1 + w2)
            y(i,k) = (w1*y(i,k) + w2*y(i+1,k)) / (w1 + w2)
            end if

            if(mod(i,3).eq.0 .and. mod(k,2).eq.0) then
            x(i,k) = (w1*x(i,k) + w2*x(i+1,k)) / (w1 + w2)
            y(i,k) = (w1*y(i,k) + w2*y(i+1,k)) / (w1 + w2)
            end if

            if(mod(i,2).eq.0) then
            x(i,k) = (w1*x(i,k) + w2*x(i,k-1)) / (w1 + w2)
            y(i,k) = (w1*y(i,k) + w2*y(i,k-1)) / (w1 + w2)
            end if
        end do
    end do
end do

original.tecに対して適用すると以下のようなデータになります。

perturbed.tec

VARIABLES=X,Y
ZONE I=25,J=20,F=POINT
 -0.14999999999999999        0.0000000000000000     
 -0.11249999999999999        0.0000000000000000     
  -7.4999999999999997E-002   0.0000000000000000     
  -3.7500000000000006E-002   0.0000000000000000     
   0.0000000000000000        0.0000000000000000     
   3.1250000000000000E-002   1.1374069812500000E-002
   6.2500000000000000E-002   2.2748139625000000E-002
   9.3750000000000000E-002   3.4122209437500002E-002
  0.12500000000000000        4.5496279250000000E-002
  0.15625000000000000        5.6870349062499999E-002
  0.18750000000000000        6.8244418875000004E-002
  0.21875000000000000        7.9618488687500003E-002
  0.25000000000000000        9.0992558500000001E-002
  0.28125000000000000       0.10236662831250000     
  0.31250000000000000       0.11374069812500000     
  0.34375000000000000       0.12511476793750001     
  0.37500000000000000       0.13648883775000001     
  0.40625000000000000       0.14786290756250001     
  0.43750000000000000       0.15923697737500001     
  0.46875000000000000       0.17061104718750000     
  0.50000000000000000       0.18198511700000000     
  0.53749999999999998       0.18198511700000000     
  0.57499999999999996       0.18198511700000000     
  0.61250000000000004       0.18198511700000000     
  0.65000000000000002       0.18198511700000000     
 -0.14999999999999999        3.1578947368421040E-002
 -0.11249999999999999        2.4107762386924341E-002
  -5.9232330322265624E-002   5.3260200902035364E-002
  -3.7500000000000006E-002   2.4107762386924341E-002
   0.0000000000000000        4.9835526315789476E-002
   4.0650745853781700E-002   4.7474886513720421E-002
   6.2500000000000000E-002   7.0694223422594571E-002
   9.3750000000000000E-002   5.6858954962364143E-002
  0.13813972473144531        9.9250133182332043E-002
  0.15625000000000000        7.8693083345990678E-002
  0.18750000000000000       0.11241161763620477     
  0.22815074585378170       0.11190152192099356     
  0.25000000000000000       0.13327031474300985     
  0.28125000000000000       0.12236134011324375     
  0.32563972473144531       0.16143669962445678     
  0.34375000000000000       0.14419546849687032     
  0.37500000000000000       0.17498770895662005     
  0.41565074585378170       0.17632815732826676     
  0.43750000000000000       0.19584640606342521     
  0.46875000000000000       0.18786372526412334     
  0.51576766967773446       0.21909104474770133     
  0.53749999999999998       0.19878078945593661     
  0.57499999999999996       0.21670510317023023     
  0.62378089502453804       0.20317553187103782     
  0.65000000000000002       0.20398590031578948     
 -0.14999999999999999        6.3157894736842080E-002
 -0.11249999999999999        4.1882846229954772E-002
  -6.9909667968749992E-002   8.7433825041118435E-002
  -3.7500000000000006E-002   4.1882846229954772E-002
   0.0000000000000000        6.3157894736842107E-002
   3.7853767629712820E-002   7.2285604614651972E-002
   6.2500000000000000E-002   8.3511493348684213E-002
   9.3750000000000000E-002   7.3623163582626217E-002
  0.12924194335937500       0.12760523202101376     
  0.15625000000000000        9.4783375151073865E-002
  0.18750000000000000       0.12421869057236842     
  0.22535376762971282       0.13371739443379785     
  0.25000000000000000       0.14457228918421053     
  0.28125000000000000       0.13710379828796915     
  0.31674194335937500       0.18590486659609787     
  0.34375000000000000       0.15826400985641681     
  0.37500000000000000       0.18527948640789474     
  0.41285376762971282       0.19514918425294378     
  0.43750000000000000       0.20563308501973684     
  0.46875000000000000       0.20058443299331205     
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 -0.14999999999999999       0.50526315789473686     
 -0.10999273503477339       0.48094340419669523     
  -6.9902794801600970E-002  0.52953034912288321     
  -3.5020920487311716E-002  0.48056883298236208     
   0.0000000000000000       0.50526315789473686     
   3.9775989933600486E-002  0.50366647180445423     
   6.2500000000000000E-002  0.50885496941447372     
   9.5839387471022164E-002  0.48790754455869012     
  0.12924767099866585       0.53504191855822669     
  0.15831589959390691       0.49208756843809687     
  0.18750000000000000       0.51603859245394734     
  0.22727598993360049       0.51490394753573843     
  0.25000000000000000       0.51963040397368421     
  0.28333938747102216       0.50144912488174387     
  0.31674767099866585       0.54305718584561502     
  0.34581589959390691       0.50567175275256659     
  0.37500000000000000       0.52681402701315794     
  0.41477598993360049       0.52614142326702273     
  0.43750000000000000       0.53040583853289469     
  0.47084408504644520       0.51498883619943725     
  0.50509720519839896       0.55090439522258516     
  0.53997907951268820       0.51679332448761439     
  0.57499999999999996       0.53399765005263156     
  0.62273118792032067       0.53019576966427651     
  0.65000000000000002       0.53399765005263156     
 -0.14999999999999999       0.53684210526315790     
 -0.11162931403167614       0.51979381381481538     
  -5.9891318523693823E-002  0.55602918742993290     
  -3.6636376739521914E-002  0.51968607239402220     
   0.0000000000000000       0.55509868421052633     
   4.3078162768933385E-002  0.53907375684842396     
   6.2500000000000000E-002  0.55680105321206819     
   9.4475571640269873E-002  0.52442273955559260     
  0.13759056789692181       0.55990821516195988     
  0.15696968605039840       0.52736768539555401     
  0.18750000000000000       0.56020579121515213     
  0.23057816276893339       0.54619321085168382     
  0.25000000000000000       0.56190816021669399     
  0.28197557164026987       0.53354544716623931     
  0.32509056789692181       0.56490948608080260     
  0.34446968605039840       0.53650264759061872     
  0.37500000000000000       0.56531289821977793     
  0.41807816276893339       0.55331266485494346     
  0.43750000000000000       0.56701526722131990     
  0.46947674875824419       0.54266768491634032     
  0.51510868147630617       0.56936590988018076     
  0.53836362326047804       0.54404597158086121     
  0.57499999999999996       0.56871763622286187     
  0.62669379532272007       0.55392805239901177     
  0.65000000000000002       0.55599843336842103     
 -0.14999999999999999       0.56842105263157894     
 -0.11219301662937345       0.54338531355900355     
  -7.4999999999999997E-002  0.58667763157894737     
  -3.7194787335476806E-002  0.54335404016774058     
   0.0000000000000000       0.56842105263157894     
   3.6054840646788829E-002  0.56562512766538653     
   6.2500000000000000E-002  0.56961832313815786     
   9.4005819475522112E-002  0.54662896231460911     
  0.12500000000000000       0.58768782856887336     
  0.15650434388710266       0.54874759236604120     
  0.18750000000000000       0.57201286415131580     
  0.22355484064678882       0.56963325566103185     
  0.25000000000000000       0.57321013465789472     
  0.28150581947552211       0.55306835627453599     
  0.31250000000000000       0.58920312405376229     
  0.34400434388710266       0.55519054338332319     
  0.37500000000000000       0.57560467567105267     
  0.41105484064678882       0.57364138365667705     
  0.43750000000000000       0.57680194617763159     
  0.46900611459320596       0.55950763196649400     
  0.50000000000000000       0.59071841953865123     
  0.53780521266452308       0.56053524288049228     
  0.57499999999999996       0.57799921668421050     
  0.61826580877614656       0.57467861664176256     
  0.65000000000000002       0.57799921668421050     
 -0.14999999999999999       0.59999999999999998     
 -0.11249999999999999       0.59999999999999998     
  -7.4999999999999997E-002  0.59999999999999998     
  -3.7499999999999999E-002  0.59999999999999998     
   0.0000000000000000       0.59999999999999998     
   3.1250000000000000E-002  0.59999999999999998     
   6.2500000000000000E-002  0.59999999999999998     
   9.3750000000000000E-002  0.59999999999999998     
  0.12500000000000000       0.59999999999999998     
  0.15625000000000000       0.59999999999999998     
  0.18750000000000000       0.59999999999999998     
  0.21875000000000000       0.59999999999999998     
  0.25000000000000000       0.59999999999999998     
  0.28125000000000000       0.59999999999999998     
  0.31250000000000000       0.59999999999999998     
  0.34375000000000000       0.59999999999999998     
  0.37500000000000000       0.59999999999999998     
  0.40625000000000000       0.59999999999999998     
  0.43750000000000000       0.59999999999999998     
  0.46875000000000000       0.59999999999999998     
  0.50000000000000000       0.59999999999999998     
  0.53749999999999998       0.59999999999999998     
  0.57499999999999996       0.59999999999999998     
  0.61250000000000004       0.59999999999999998     
  0.65000000000000002       0.59999999999999998     

ParaViewでDelaunay 2Dフィルターを適用し非構造格子を生成する

上で作成したデータをParaViewで読んだ後、Delaunay 2Dフィルターを適用します。

各フィルターは[Filters]->[Search]で検索出来ます。

この時、右下の凸角のような箇所に元の形状には無いセルが生成されてしまう事があります。

CFDなどで使用する際には困るので少し修正を加えます。

Extract Selectionフィルターで不要なセルを削除する

Select Cells Onなどで余分なセルを選択します。

[Edit]->[Find Data]を開き[Invert selection]のチェックボックスを入れて必要なセルだけが選択された状態にします。

Extract Selectionフィルターを適用し必要なセルだけを抽出します。

作成した非構造格子を出力する

Extract Selectionフィルターを選択した状態でSpreadSheet Viewを開きます。

• 節点の情報を出力します
  • AttributeをPoint Dataにします
  • Toggle column visibilityで以下にチェックを入れます
    • vtkOriginalPointIds
    • Points
  • vtkOriginalPointIds列が昇順になっていることを確認します
  • Export Spreadsheetで出力します
    
    • 手元ではpoint.tsvとしました

※PointIDではなくvtkOriginalPointIdsにする必要があります。

• セルの情報を出力します
  • ArrtibuteをCell Dataにします
  • Toggle cell connectivity visibilityを選択しておきます
  • Toggle column visibilityで以下にチェックを入れます
    • Cell ID
    • Cell Type
    • Point Index 0〜2
  • Export Spreadsheetで出力します
    • 手元ではcell.tsvとしました

※出力したCell Type IDはすべて5になっているはずです。これはVTKフォーマットのcell typeでは5が三角形に対応するためです。

参考1：PENGUINITIS - VTK ファイルフォーマット
参考2：http://www.princeton.edu/~efeibush/viscourse/vtk.pdf (Figure 2)

出力した結果をパースする

出力した結果に非構造格子の構成に必要な情報が揃っているので手元のコードでパースします。

point.tsv

Points_0    Points_1    Points_2    vtkOriginalPointIds
-0.15        0    0    0　←節点ID=0の座標は(-0.15, 0, 0)
-0.1125    0    0    1

...

cell.tsv

Cell Type    Point Index 0    Point Index 1    Point Index 2    Cell ID
5    63    38    14    0　←セルID=0を構成する節点IDは63, 38, 14
5    46    20    21    1

...

節点ID(vtkOriginalPointIds)、セルID(Cell ID)はどちらも0から数えます。

45cmウィローモス水槽・テトラ6in1はすごいよ

1つ前の投稿では水換えで南米ウィローモスが調子を取り戻した(しそう)というのを報告しました。

ykhg.hatenablog.com

と言ってもただ水換えしたら良い感じですというのも再現性の無さそうな話で、せっかくなのでもう少し情報が欲しいところです。

ということで注文していた水質試験紙(テトラ6in1)が届いたので測っていきたいと思います。立ち上げ初期から測っとけば良かった。

結果の前に計測方法に関してですが、テトラ6in1が現代に合わせてしっかり改良されていて感動いたしました。

なんと公式アプリで試験紙画像の読み取り、保存が行えます！！これはすごい。

左：位置合わせはアナログ。慣れるとそんなに苦ではない。
中：結果が数値で見える上に記録も出来る。右：ご丁寧にタイマー付き

色を数値化する際に外部の光がどの程度結果に影響するのか気にはなりますが、自分の目も大概当てにならないので大丈夫です。

本題に戻ります。今回の改善の決め手が水換えだとすると、水換え前後で検査すれば何か情報が得られそうです。換水後は新しい水が水槽の水と十分に混ざる事を期待して時間を空けています。念のため3回分のデータを取りました。計測1と計測2は中1日空けています。計測3は計測2の翌日です。

計測1	硝酸塩 NO3 [mg/l]	亜硝酸 NO2 [mg/l]	総硬度 GH	炭酸塩 硬度KH	pH	塩素 Cl2 [mg/l]	二酸化炭素 CO2 [mg/l]
換水前	0.0	0.0	0.2	3.5	6.2	0.0	82.2
換水後 (間隔1.5h)	9.1	2.1	0.0	9.6	6.0	0.0	357.1
計測2	硝酸塩 NO3 [mg/l]	亜硝酸 NO2 [mg/l]	総硬度 GH	炭酸塩 硬度KH	pH	塩素 Cl2 [mg/l]	二酸化炭素 CO2 [mg/l]
換水前	0.0	0.0	1.5	3.5	6.1	0.0	103.4
換水後 (間隔4.0h)	11.2	0.0	0.0	6.3	6.0	0.0	234.4
計測3	硝酸塩 NO3 [mg/l]	亜硝酸 NO2 [mg/l]	総硬度 GH	炭酸塩 硬度KH	pH	塩素 Cl2 [mg/l]	二酸化炭素 CO2 [mg/l]
換水前	10.5	0.0	1.3	6.1	6.0	0.0	226.9
換水後 (間隔1.0h)	8.6	2.0	0.0	9.0	6.0	0.0	334.8

参考：水道水データ(計測は↑とは別の日)

水道水	硝酸塩 NO3 [mg/l]	亜硝酸 NO2 [mg/l]	総硬度 GH	炭酸塩 硬度KH	pH	塩素 Cl2 [mg/l]	二酸化炭素濃度 CO2 [mg/l]
カルキ抜き投入前	11.8	0.0	1.9	5.8	6.2	0.0	136.1

それぞれ見ていきます。

• 硝酸塩
  これは個人的に意外だったのですが、水道水にも結構含まれているのですね。生体が少ないので換水前は低いのだと思います。窒素は水草の成長に必要だそうなのでこれが不足していた説が濃厚？

• 亜硝酸
  取り敢えず少ないのでヨシ(思考停止)
• 総硬度
  解釈出来ません。。
• 炭酸塩硬度
  ソイルを使用しているので換水前は下がっているのだと思います(原理よく分かってない)
• pH
  ソイルのおかげでpHが低いのだと思っていましたが、水道水とほぼ変わらないですね。
• 塩素
  なんとなく都会の水は塩素が多いのではと思っていましたが(偏見)、今回の測定レンジでは水道水でも検知されないようでした。
• 二酸化炭素濃度
  水道水にも結構含まれているというのは意外でした。
  振れ幅大きいので解釈が難しいですが、換水後が水道水の値を超えているのを見るに蛇口に到達するまでの状態でも結構変わっているのかなとも思ったり(時間帯、配管のどの辺りにあった水かなど)。

今回の測定からは(多分)窒素が不足していそうというのが分かりました。現状うまくいっているようなのでこのまま換水を続けるのが無難かなとも思いますが、生体を追加して窒素の供給源を確保する or 肥料で補完する のもありなのかなとも思ったり。

テトラテスト　6in1　試験紙（淡水用）水質検査試験紙　テスト　総硬度　硝酸塩　亜硝酸塩　塩素　炭酸塩　PH　関東当日便

45cmウィローモス水槽・水換えは全てを救う

前回の水槽立ち上げから早速動きがありました。
なんと南米ウィローモスの調子が悪いです。。。

この写真だと緑が強調されて実物よりマシに見えますが、画面右下に固定した塊が茶色くなってきているのが分かります。

初めの数日は「新しい環境に変わったから多少は駄目な葉もあるのかな？」と楽観視していたものの、日に日に全体が茶色く色付いて新芽も出てこないので流石に焦り始めます。

このままでは数年前と同じ結果に終わってしまう…

とは言っても明るい照明にCO2添加もあり、個人的に万全の体制だと思っていたので特に原因も思い当たらず。

直ぐに出来ることが水換えくらいしかなかったので1/3程度換水。翌々日、水槽を凝視しているとここで気づきがありました。

「…何か新芽出てる？」

初めに巻き付けたモスが全体的に茶色くなってきたのもあって新芽の黄緑色がよく分かりました。

• そのまま2日程経過観察
  特に変化無し、また全体的に色が悪くなっている気がする。
• 翌日また1/3換水
  水換え翌日水槽を見ると新芽がワッと出ている。これは水換えが効いているのではと思い始める。

という訳で毎朝1/3換水で続けています。本当にその影響なのかは定かでないですが、毎日持続的に新芽が出る状態になりました。

左：茶色化が止まらなかった頃(最初の画像と同じ)、右：換水を続けて新芽が継続的に出るようになった頃

水槽を立ち上げて1週間くらいではありますが、モスよりは水質の影響を受けやすいと思っていた魚(オトシンネグロ)の方は元気なので南米モスの具合がなぜ悪かったのかは正直ピンときていません。

今回使用している栄養系ソイル(水草一番)は初期に集中換水した方が良い、というのは見たことがありましたがそれは初めの栄養過多な状態を脱するため、という理解でした。もしかして他にも良い影響があるのだろうか…？

追加の施策１：

水換えの効果が見えるまでは不安だったのでネットで色々調べていました。その中で思い当たる点があったのが照明の距離です。アクロのTRIANGLE LED VIVIDを使用しているのですが、吊り下げではなく本体付属のライトリフトを使用していました。

という訳で吊り下げライトスタンドを導入。ライトより数cmですが高くなりました。チャームだとセット販売の方が安いみたいなので初めからそれを買えば良かった。

セットしたところ。取り敢えず付属ライトリフトより数cm高くなるように設置

こちらは毎日1/3換水の後に設置したので効果の程はわかりませんが、ガラス蓋をしていなければ水槽の上に空間が出来るので水槽いじり全般の心理的な負担も減りますし、単純にインテリアとしていい感じです。尚更初めから買っておくんだった。

ちなみに届くまでの間、原因が気になってしょうがなかったのでアクアショップのウィローモス水槽を偵察して何か企業秘密がないかと見て回っていました(アレな客)。サンプル数が少ない(2軒)のでなんともですが、確かに照明距離という観点ではどこも距離を確保しているように見えました。お店の水槽は単にメンテナンスが便利だからそういう場合が多いんだろうか…？今まで行った時も水槽を舐め回すように見ていたつもりがあまりよく見ていなかった事が分かった回でした。

追加の施策2：

CO2の添加を1滴/1秒→1滴/6~7秒に減らしました。理由はコケ予防にと導入したレッドチェリーシュリンプが立て続けに☆になってしまったので念のため酸欠を疑ったのが1つ、今のモス量では夜間の酸素が不足してバクテリアの活動を阻害するのではないかと疑ったのが2つ目、そして3つ目がそもそも巻き付け直後のウィローモスにはそれほど量は必要なさそうというところです。

一先ず初手壊滅は免れたようなのでこのまますくすくと育ってほしい。。